アムネスティインターナショナルで日本の死刑存廃問題や入管に収容されている外国人の人権侵害など重大な人権問題に取り組んでいることで知られている。
しかしその一方で、アムネスティでは取り扱われていない人権問題が少なくない。
部落解放同盟の確認・糾弾や日本共産党の査問問題(松竹伸幸・鈴木元除名問題など)が該当する。
日本共産党の査問問題については、日本共産党員がアムネスティ議員連盟に所属している事が同問題をアムネスティでは取り扱わない理由となっている。
日本共産党の査問問題を今後取り扱うべきか、アムネスティ側で大きく問われつつあり、共産による査問問題を取り扱わなかった場合、アムネスティが本当に人権問題に取り組んでいる団体としての資格があるのかと言われるであろう。